В своей зрелой манере придерживался своего рода «академического» модерна, не пускаясь в рискованные эксперименты, но сохранив характерные черты этого стиля: культ «вечных тем», в особенности темы смерти, драматический контраст фигуры и материала (каменного блока). Предполагая стать философом, Меркуров и в ранние образы вносил мотив тяжкой, мучительной думы (статуя Ф.М.Достоевского, 1911–1913, установлена как памятник в рамках плана «монументальной пропаганды» в 1918; фигура-олицетворение Мысли, 1913, ныне на могиле автора на Новодевичьем кладбище; оба памятника – гранит).

Многократно снимал посмертные маски, в том числе со знаменитых писателей и политиков (Л.Н.Толстого, В.И.Ленина, А.Белого и других).

Однако наибольшую славу ему принесли монументы вождей, тоже величаво-суровые (траурная группа Смерть вождя, гранит, 1927, Центральный музей Ленина, Горки Ленинские; статуя Ленина, украшавшая зал заседаний Верховного Совета СССР до его перестройки, мрамор, 1939, Кремль; памятники Ленину в Волгограде, Магнитогорске, Ульяновске и целом ряде других городов).

По эскизам Меркурова были созданы три самых крупных на территории СССР памятника И.В.Сталину: первый по величине – монумент в Ереване, другие два возвышались на входе в Канал имени Москвы и на ВДНХ).

В 1937 году, ставшем в сознании многих символом репрессий, на канале им. Москвы по проекту Меркурова были установлены две гранитные монументальные скульптуры Ленина и Сталина. На их сооружение ушло около двадцати железнодорожных составов крупнозернистого серо-розового гранита, причем отдельные глыбы весили до ста тонн. На работе было занято 670 гранитчиков и около пяти тысяч рабочих. Большую часть строителей составляли заключенные.

В 1939 г. мраморная скульптура Сталина по проекту Меркурова украсила Всесоюзную сельскохозяйственную выставку.

После войны Меркуров создал еще одну статую вождя, на этот раз из кованой меди, для мемориала в Ереване (высота 49 м вместе с постаментом; 1951). Грубая «ассиро-вавилонская» мощь этих образов (все они были демонтированы в период «оттепели») по-своему точно и откровенно выразила «сверхчеловечески»-жестокий дух сталинской эпохи, признававшей лишь одного Героя. За «Ленина» для Кремля и «Сталиных» для ВДНХ и Еревана скульптор был в 1941 и 1951 удостоен Сталинских премий.

Но главным делом Меркурова в последние десятилетия жизни были многочисленные, порой гигантских размеров, статуи Ленина и Сталина. Чаще всего это тоже мощные гранитные глыбы, сохраняющие тяжеловесную нерасчлененность, заполированные до зеркального глянца и спорящие своим надчеловеческим пафосом с монументами древневосточных владык.

Работы Меркурова предопределили стиль официального советского надгробия (гранитные бюсты-гермы Я.М.Свердлова, Ф.Э.Дзержинского, М.В.Фрунзе, М.И.Калинина, А.А.Жданова на Красной площади у Кремлевской стены, конец 1940-х – начало 1950-х годов).

В 1953 вышли в свет его «Записки скульптора». В родном городе мастера был открыт его музей (1984).

После смерти мастера в Баку был установлен горельеф-памятник “Расстрел 26 бакинских комиссаров”, над созданием которого он много лет (1924-1946) трудился.