По-ижорски и по-фински деревня называется Harjavalta, что предположительно происходит от доисторического личного имени, заимствованного из древнегерманского языка.

После победы в Северной войне (1700—1721 гг.) Петр I значительную часть Копорского уезда Ингерманландии пожаловал своему ближайшему сподвижнику Александру Даниловичу Меншикову.

Территория мызы Каравалдайской, как она тогда называлась, была разделена на две части, граница прошла посередине Каравалдайского (ныне Горавалдайского) озера. Его западная половина и деревня Каравалдай (этимология названия неясна), стоявшая на северном берегу, были пожалованы генерал-майору С. А. Шепелёву, брату обер-гофмаршала императорского дворца, а деревня стала называться Шепелёво. Позже название стало меняться сначала на Гора Валдай, затем — на Гора-Валдай.

Восточная часть озера и деревень Гора-Валдай, Пулково и Чёрная Лахта достались А. Г. Разумовскому.

В 1822 году имением стал владеть действительный статский советник Д. Н. Добржанский. Он создал на восточном берегу озера небольшую усадьбу — Алютино.

В 1839 году имение поступило на торги, и его купил коллежский асессор А. И. Дребс.

В конце XIX века Алютино приобрёл купец И. А. Воронин.

В 1898 году на средства Воронина на Гора-Валдае была заложена церковь Святой Троицы

Купец Иван Агапович Воронин в 1896 году купил поместье Гора-Валдай. В купеческих семьях свято соблюдались все христианские обряды, и потому Иван Агапович решил выстроить церковь в усадьбе, но не домовую, а рассчитанную на 600 человек, чтобы в нее могли ходить все окрестные крестьяне. По церковным канонам люди в деревнях были приписаны каждый к своему храму. Ближайший для местного населения был в Ковашах, и крестьяне каждое воскресенье ходили туда по лесам и болотам, а это 9 километров в один конец. Наверное, поэтому Воронин и решил выстроить в усадьбе церковь. В своем прошении Иван Агапович писал: «Место, избранное для храма, по своей живописности и центральности положения вполне благоприятствует строительству церкви. Храм будет благодеянием для всех окружающих деревень». Приход состоял из жителей деревень Гора-Валдай, Черная Лахта, Пулково, Шепелево. В 1899 году к строительству церкви в усадьбе привлекли В.А. Косякова, который был автором проекта Богоявленской церкви на Гутуевском острове и Морской собор в Кронштадте.
Проект церкви Святой Троицы был утвержден в 1899 году, а в 1903 году состоялось освящение храма. Тогда же был выстроен и каменный дом для церковнослужителей.
Однокупольная с колокольней церковь Святой Троицы была спроектирована в русском стиле приходских храмов XVII столетия с шатровой колокольней; луковичными главками на тонких шейках; крыльцами на пузатых колонках; папертями; террасами и лестницами; декоративными фасадами, украшенными гирьками, кокошниками, поясами ширинок, порталами и наличниками. Праздничное, радостное впечатление от узорочья фасадов создавали интерьеры с настенной живописью.
В двадцатые годы сюда пришли военные, выселили местных жителей, священника выгнали. Устроили здесь военный городок, оцепили его колючей проволокой… Постепенно храм пришел в запустенье. Даже после передачи его церкви постоянного священника здесь долгое время не было. Храм был приписан к Лебяженской церкви. Оттуда отец Александр Америн 2-3 раза в год приезжал в Гору-Валдай по большим праздникам. Идет служба, а сверху вода капает...
Церковь сохранилась и до наших дней. Она видна издалека и отчетливо выделяется на фоне окружающего пейзажа. В 1995 г. Владыко Владимир, митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский, благословил передачу от государства, в лице Министерства обороны, храма Святой Троицы в деревне Гора-Валдай Ломоносовского района. Он представлял собой тогда голые стены и гору мусора внутри, дверей и стекол не было, от сырости и перепада температур осыпалась внутренняя роспись храма… Вот такой получился возврат. Но ныне все вокруг ухожено, внутри храма идет служба, все чистенько, аккуратненько, хотя до окончания реставрации еще далеко.